结论前置，燕鱼公母可以通过3种方法进行区分：1、繁殖期区分，如果正好一对燕鱼处在繁殖期，肚子大的会产卵的是母鱼；公鱼是跟在母鱼后面负责受精的。2、生殖器官区分，母鱼生殖器官粗大，因为需要产卵。公鱼的生殖器官像是削尖的铅笔头。3、通过一些体表特征来区分燕鱼的公母。逐一分析如下：
提醒一点：燕鱼的配对是自由选择的结果，人为很难干涉它们，也比较好不要徒劳去干涉它们选择对象。大多数燕鱼在6—8个月的时候会达到性成熟，此时它们开始具备了配对繁殖的能力。
1、繁殖期区分
如果是碰巧一对燕鱼处在产卵繁殖期，是很容易区分公母的，因为繁殖期的燕鱼生殖器官会非常凸出，在产卵的时候，产出透明鱼卵的是母鱼，而紧跟母鱼后面负责受精的是公鱼。
首先配对成功的燕鱼，公鱼和母鱼会轮流清理它们中意的地方作为巢穴，不断地通过嘴巴啃的方式来清洁巢穴。
产卵期间母鱼腹部会膨胀隆起，里面藏满了鱼卵，产卵完毕后腹部会明显变平。产卵的时候母鱼粗大的输卵管会非常明显地凸出来，公鱼的生殖器官对比起来则显得细小尖锐。母鱼一次可产数百个卵，并将卵逐个放置在巢穴，公鱼紧随其后的进行受精。
公鱼和母鱼会轮流扇动水流清洗受精卵，为受精卵保持清洁，有经验的亲鱼会自行清理掉未受精的鱼卵。
在受精完成后，公鱼和母鱼会共同保护受精卵的安全，会驱赶其它靠近受精卵的鱼，防止受精卵被其它鱼吃掉。公鱼和母鱼会一直照顾受精卵孵化，鱼苗起飞，保护它们的安全。
在感受到环境威胁或者压力的时候，燕鱼可能会有吃掉鱼卵和幼鱼的行为，因此繁殖的时候比较好是提供一个优良安静的水质环境。同时繁殖期尽可能保持低光照环境，燕鱼在较暗的环境中更为自在，缺乏光线对它们的繁殖不会有任何负面影响。
2、生殖器官区分
燕鱼公鱼的生殖器官像是一个削尖的铅笔头，尖而窄。
燕鱼母鱼的生殖器官则更为粗大而钝，呈圆柱形，因为母鱼产出的鱼卵直径很大，所以母鱼的生殖器官粗大是受鱼卵直径的影响。
3、通过一些体表特征来区分燕鱼的公母
燕鱼公鱼的体表特征如下：
（1）公鱼的身体通常比母鱼更大，更圆，更为肥厚壮实
（2）公鱼的头部通常有隆起的头瘤，俗称“起头”，这是公鱼最显著的外部特征
（3）可能会有分叉的腹鳍
（4）在同等饲养条件下，公鱼要比母鱼体型长得更快
燕鱼母鱼的体表特征如下：
（1）母鱼的身体通常没有公鱼那么大
（2）母鱼的额头上没有任何凸起，形状更像是滑雪坡
（3）母鱼的腹鳍更为光滑，弧度更圆润
（4）繁殖的时候，母鱼腹部会因为卵子而隆起
